Attention : cet article récapitule les informations concernant le corps de Al jusqu'au volume 13 du manga. Il y a donc évidemment des spoilers.

Lors de leur transmutation humaine, Ed et Al perdent quelque chose. Pour Ed, sa jambe, et pour Al son corps entier. Après avoir été devant la Porte et avoir vu la Vérité, Ed se retrouve seul mais avec une partie de la "connaissance". Désespéré, il prend une des armures qui se trouvaient dans la pièce, et y trace un cercle de transmutation avec son sang. Il en reproduit ensuite sur diverses parties de son corps: qu'Il prenne ce qu'Il veut en échange, mais qu'Il lui rende son frère...
C'est donc après ça que Al se retrouve dans une armure. Sceller une âme à un autre corps, "contenant", que l'original est quelque chose de très difficile à effectuer: il faut à la fois être puissant et avoir la connaissance suffisante pour le faire. Ed est puissant, il nous le démontre à maintes reprises, mais la Connaissance acquise à la Porte lui permet seule de réussir. Dans l'anime, dans l'épisode 5, Majhall tente de lier des âmes à des pantins mais n'y arrive pas: il faut que l'opération soit parfaite, et surtout qu'il n'y ait pas de rejet.

Le rejet est néanmoins inévitable: soit l'âme ne peut s'adapter à son corps d'emprunt et le scellage échoue, soit l'âme est liée mais seulement provisoirement... Même si Ed a parfaitement réussi à lier l'âme de Al à l'armure, cela reste provisoire. Une âme dans un corps n'est qu'une bombe à retardement (chapitre 44, manga). Cela peut arriver dans 1 minute, 1 heure, un jour une semaine un mois... ou dans 100 ans. Mais le rejet est inévitable; lorsqu'il se déroulera, le corps de Al explosera comme une bombe et il disparaîtra définitivement. Un corps comme ça n'est donc pas immortel comme on pourrait le croire.

Nous avons également vu avec Barry the Chopper, qu'une fois le corps et l'âme d'une personne séparés, le corps peut servir de contenant et recevoir une nouvelle âme, qu'elle soit humaine ou animale. Par ailleurs, une fois dissociées on remarque que les deux "parties" s'attirent inévitablement dans une volonté inconsciente de se réunir. Cependant, nous ne savons pas si le rejet est possible sous cette forme là. Mais si on définit le rejet comme une réaction à l'incompatibilité d'une âme et d'un corps qui n'ont rien à voir entre eux, alors il ne devrait pas y en avoir et Al pourrait retrouver son corps. La question qui se pose alors, est "où est le corps humain de Al ?

Ce qui c'est passé lors de la transmutation humaine

Lorsque Ed & Al ont commencé, ils ont réunit tous les ingrédients pour réaliser un corps humain moyen, et une goutte de leur sang pour l'âme. Cependant, comme ils le réalisent plus tard, rien ne vaut l'âme de leur mère, et tous ses souvenirs qui lui sont personnels et qu'ils ignorent ne peuvent être recréés. Ils sont donc contraint de payer leur erreur et le "prix de passage" pour avoir eu un accès partiel aux Connaissances de la Porte. Al le paye de son corps entier, et Ed de sa jambe.
Mais le prix reste matériel, physique: il concerne une partie (voir l'intégralité) du corps, tout comme Izumi qui perd des organes. En aucun cas alors il ne concerne l'âme. C'est donc dans le corps inhumain qui résulte de la transmutation ratée que l'âme de Al se trouve, jusqu'à ce que Ed ne la reprenne pour la lier à l'armure. Elle ne demeurait pas dans la Porte comme ils le pensaient, mais dans cette chose qu'ils avaient créée, cette chose sans âme.
Mais la question d'où se trouve le corps de Al demeure. Celui-ci, dans son armure, possède ses souvenirs d'avant la transmutation, mais également ceux d'après; il continue de se faire de nouveaux souvenirs chaques jours, comme n'importe qui. Or le sceau n'est là que pour attacher l'âme, il ne peut rien contenir. Donc à priori, le corps et l'esprit de Al sont bien quelque part, et l'esprit fonctionne. Reste à savoir... où. La théorie d'Edward serait que; au moment où lui et son frère ont mélangé leur sang pour payer l'âme de leur mère avant la transmutation, leurs esprits se sont liés. L'esprit d'Al demeurerait donc dans un coin de celui de Ed, et Ed partagerait la croissance d'Alphonse avec la sienne. Cela expliquerait pourquoi il serait si petit, dormirait autant et mangerait autant.
Bien que nous n'en ayons pas encore la confirmation, il semblerait qu'il y a au moins une part de vérité ici. En effet, quand Edward se retrouve à nouveau devant la Porte -sa Porte-, il y a en réalité deux Portes et devant une d'entre elle, le corps d'Al. Seulement seul Al est autorisé à "reprendre" son corps et Ed est obligé de le laisser derrière quand il repart. La question qui demeure donc est "comment récupérer le corps d'Al ?". Mais, au moins, nous savons où il est, même s'il est famélique.

Dans l'anime, une fois dans la Porte, l'âme, l'esprit et le corps se scindent en trois parties différentes. Ed récupère l'âme, mais le reste demeure dans la Porte, et en se sacrifiant Ed est capable de les récupérer et rendre à Al son apparence humaine: cependant son corps sera celui d'avant la transmutation, celui d'un enfant de 12 ans. Forcé de donner également 4 années de souvenirs de leur voyage pour payer le prix, on peut croire que une sorte de "deuxième esprit" s'est créé dans l'armure pour continuer à garder ses souvenirs, mais qu'il est compris dans le prix pour retrouver le vrai corps en abandonnant l'armure et tout ce qui va avec.

Le cercle, les effets.

Le lien d'attache entre l'âme et l'armure est le cercle dessiné par Ed avec son sang. Tout réside dans ce simple cercle: si celui-ci est effacé en entier ou partialement, ou si son support sur lequel il est dessiné est brisé, alors l'âme disparait. Il suffirait donc de viser au bon endroit pour tuer Al d'un seul coup. De la même manière, la seule façon d'infliger la douleur sous cette forme est de rayer le cercle.
Si l'armure est abîmée (ce qui arrive assez souvent) Ed peut effectuer la transmutation pour la réparer simplement en touchant le cercle (pour la réparer en entier); où en apposant normalement ses mains sur l'armure.

Les effets qui résulte de tout ça... Al n'a pas de corps humain, mais son âme témoigne largement de son humanité et il a donc la possibilité d'utiliser lui aussi l'alchimie, alors que les homonculus, qui ne sont pas humains, ne le peuvent. N'étant pas physique, il ne ressent pas la fatigue, ni les sensation comme le froid ou le chaud, la texture de quelque chose ou la douleur. En bref, Al ne sent rien. Il ne peut pas manger, il ne peut pas dormir, juste penser. Al ne se formalise pas tellement de devoir vivre sous cette forme, dans le sens où il assume ses actes, et l'effet "bombe à retardement" ne le dérange que parce que il pourrait blesser quelqu'un: il se sent dans la même condition qu'un humain condamné à mourir un jour, sans savoir quand. Mais ce qui est le plus dur à vivre pour lui est de ne pas pouvoir dormir: il passe ses nuits seul, à réfléchir et penser à des choses "pas importantes" comme il le dit. Il ne souvient plus du contact de son frère, ne sens plus rien... Même s'il n'en montre rien Al est très affecté par son apparence.