L'alchimie est une science où l'on doit comprendre la structure de la matière, la décomposer pour ensuite la remodeler. Correctement utilisée, elle peut transformer du simple plomb en or. Cependant, comme il s'agit d'une science, elle est toujours soumise aux principes de la nature. On ne peut créer un objet d'une certaine masse qu'à partir d'un objet d'une masse équivalente. C'est le principe de l'échange équivalent. Le principe de l'équivalence implique que pour obtenir quelque chose, l'on doive sacrifier un objet d'une valeur équivalente. Il s'agissait peut-être d'une leçon... que rien ne se gagne sans sacrifice.
Edward et Alphonse sont deux jeunes garçons de respectivement 11 et 10 ans. Ils avaient décidé d'effectuer une transmutation afin de faire revenir leur mère. Alors que tout se passait bien, soudainement la lumière vire au violet et un rebond commence à se produire. Ed assiste impuissant à la scène: il voit Al disparaître sous ses yeux alors que lui même perd sa jambe.

Plus tard - Edward 15 ans & Alphonse 14 ans. On retrouve les deux frères entrain de marcher dans un désert. Une armure - Al, vient de s'ensabler tandis que l'autre garçon porte un épais manteau et des gants en plein soleil et se plaint de la chaleur. Les deux Elric sont en chemin vers la cité de Lior, à laquelle ils ne tardent pas à arriver. Ils sont vraisemblablement à la recherche de quelque chose... Une fois dans la ville, si le fait qu'Ed soit le "Fullmetal Alchemist" ne dit rien aux habitants, ils ne tardent pas à se faire remarquer grâce à une transmutation effectuée par Al. Feraient-ils eux aussi des miracles ? Car leur grand prêtre Cornello, intermédiaire du Dieu Léto sur terre, réalise ses miracles de la même façon ! Intrigué, Ed accepte la proposition de Rose, une jeune fille très pieuse et pleine de vie, de se faire héberger sur place; il aimerait comprendre pourquoi ce fameux prêtre utilise l'alchimie en faisant croire à des miracles, et surtout comment il fait pour ne pas respecter le principe d'équivalence... Seulement voilà, la vérité est toute autre. Si Rose est si dévouée, c'est parce que son petit ami, Cain, est mort il y a peu, et que Cornello lui affirme que Léto entendra sa prière et la récompensera si elle croit en lui. Ed ne l'entends pas de cette oreille, et essaye d'expliquer à Rose que ce fameux prêtre n'effectue pas de miracles, mais de l'alchimie, et qui plus est qu'on ne peux pas ressuciter les morts. Pendant ce temps, Cornello programme l'exécution des deux frères, croyant que l'armée vient mettre du désordre dans ses petites affaires. Alors que Rose, complètement butée, refuse de comprendre ce que Ed veut lui dire, un sbire arrive par derrière et tire à bout portant sur Al, révélant... une armure vide. Effrayée, Rose s'enfuit pendant que Ed se débarrasse du gêneur. Ceux-ci la poursuivent afin de s'expliquer, mais ils aboutissent dans une grande salle, où Cornello ne tarde pas à les rejoindre. Il explique à la jeune fille effrayée que ces deux jeunes personnes sont des envoyés du diable, qu'ils mentent, et que au final ils méritent donc de mourir. Si Al essaye de se justifier, Ed n'en a cure et réclame la Pierre Philosophale au prêtre. Cette fameuse pierre qui permet de contourner le principe d'équivalence. Celui-ci est surpris qu'ils connaissent son existence, mais n'en est que plus déterminé à les tuer. Ed, d'un ton condescendant, affirme à Cornello qu'il ne lui fera pas de mal s'il lui donne la Pierre... Ce à quoi celui-ci répond en leur envoyant une chimère. Ces créatures, créées à partir de la fusion de plusieurs animaux, peuvent s'assimiler à des monstres. Cependant, Ed réalise une transmutation sans cercle afin d'obtenir une arme, et se révèle plus dur à battre que prévu... Enervé, Cornello lui envoit une autre chimère, qui s'apprête à lui casser la jambe gauche. Seulement celui-ci sourit, et dégage sa jambe avant d'envoyer un coup de pied à la chimère; les griffes sur ses vêtements laissant apparaître quelque chose de métallique. Quelques secondes après, une deuxième chimère prend son bras droit dans la gueule, mais ne réussit pas à le mordre non plus. Le grand prêtre comprend enfin: alors que Ed enlève son manteau et laisse apparaître son bras en métal, il explique à Rose ce que cela implique. Suite à la tentative d'une transmutation humaine ratée, celui-ci se retrouve avec un bras et une jambe en automail, des membres mécaniques tout en métal. Rose comprend alors pourquoi Ed tentait de lui expliquer que les alchimistes qui se prennaient pour Dieu risquaient de se brûler en s'approchant trop près du soleil...
Et Cornello trouve très ironique que Ed s'appelle, le FULLMETAL ALCHEMIST >D

Suivant: épisode # 02